Thoạt nhìn, hòn đảo này có vẻ là một khối đá cằn cỗi, không có bất kỳ thảm thực vật nào. Nhưng phân chim đã giúp cho các loài tảo, địa y, rêu, một số cây bụi và dương xỉ phát triển, tất cả nguồn dinh dưỡng cần thiết đều từ phân chim. Hòn đảo chính là một khu bảo tồn hoang dã, bảo vệ các loài thực vật và động vật một cách tuyệt đối, trong một khu vực vòng tròn bán kính 9.656 km (6,000 dặm). Ngày 12 tháng 7 năm 2006, Malpelo được tuyên bố bởi UNESCO như là một Di sản thế giới. Một tổ chức bảo vệ của Colombia [4] đang cố gắng để bảo tồn tính đa dạng sinh học của hòn đảo.

Mapelo là nhà của khoảng 500 con cá mập đầu búa và hàng trăm con Carcharhinus falciformis khiến nó trở thành một địa điểm lặn quan sát cá mập phổ biến. Một số loài quý hiếm khác gồm có Cá nhám hổ cát răng nhỏ, Acanthemblemaria stephensi hay loài chim điên Nazca.